2000년

• 2000. 01. 01. 목포 해양대학교 학생군사교육단 창설
• 2000. 02. 01. 해사산업기술연구소 폐지, 기계전자기술연구소 및 해양산업연구소 설립
• 2000. 02. 14. 재단법인 목포해양대학교 발전기금 설립
• 2000. 04. 11. "해양 및 조선공학부"를 "해양시스템공학부"로 학부명칭 변경
• 2000. 11. 17. 대학부지 확보 (공학관 뒷편 사유지, 4필지, 707㎡, 매입금액 751,031천원)
• 2000. 12. 26. 구내식당 준공 (연면적 280㎡, 207,031천원)

2001년

• 2001. 07. 26. 목포해양대학교 해양산업대학원 신설 승인 (입학정원 30명)
• 2001. 09. 01. 해사산업기술연구소 폐지, 기계전자기술연구소 및 해양산업연구소 설립
• 2001. 10. 31. 대학조직 개편 (본부 4개관, 대학원, 부속시설 10개)
  공학계열을 해양공학계열로 기관공학부를 기관시스템공부로 계열의 명칭과
  학부의 명칭을 변경함
• 2001. 12. 07. 대학원 학과명칭 변경 ("기관공학과"를 기관시스템공학과"로)
• 2000. 11. 17. 제2공학관 준공
  (지하 1층, 지상 6층, 연면적 7,929,7㎡, 공사금액 7,335백만원)

2002년

• 2002. 03. 20. 창업보육센터 설립
• 2002. 07. 12. 대학 정문 조형물 및 진입로 준공
• 2002. 11. 09. 해양전자 · 통신공학부 (소프트웨어 전공 신설)
• 2002. 12. 05. 창업보육센터 개소
• 2002. 12. 26. 승선생활관 제5호관 준공

2003년

• 2003. 04. 25. 실습선 새누리호 (4.701톤) 취항
• 2003. 07. 07. 목포해양대학교 평생교육원 설치

2004년

• 2004. 03. 11. 산학협력단신설
• 2004. 07. 01. 누리사업 사업자 선정 (기간 : 2004. 7. 1 ~ 2005. 6. 30)
• 2004. 08. 03. 해양학사 준공

2005년

• 2005. 06. 16. 마린시뮬레이션 센터 신설

2006년

• 2006. 01. 05. 목포해양대학교 씨그랜트사업단 신설

2007년

• 2007. 01. 05. 목포해양대학교 씨그랜트사업단 신설
• 2007. 01. 07. 목포해양대학교 어학원 설치
  전자공학전공, 전파공학전공, 소프트웨어전공이 전자공학전공으로 개정
• 2007. 05. 08. 도서관 인근의 신학대부지 매입 (4,056㎡)
• 2007. 06. 15. 목포해양대학교 RIS사업단 개소식
• 2007. 10. 09. 대학본부 개창식

2008년

• 2008. 10. 28. 해양시비공원 개원

2009년

• 2009. 01. 30. 대학역사관 개관
• 2009. 05. 14. 한국조선기자재연구원 전남분원 개소

2010년

• 2010. 02. 26. 조직개편 (전자계산소를 정보전산원으로 변경, 박물관 신설)
• 2010. 07. 01. 조직개편 (학생과를 학생지원과로 변경,
  취업실습과를 학생지원과로 통합, 기획실을 기획과로 변경)

2011년

• 2011. 03. 01. 단과대학 신설 (해사대학, 해양공과대학)
• 2011. 08. 31. 승선생활관 새누리관 완공
• 2011. 09. 23. 전남요트조종면허시험장 개장

2012년

• 2012. 03. 01.3개학부(해사대학), 6개학과(해양공과대학)으로 개편
  여성학군단 신설
• 2012. 04. 01.도서관 신축공사 착공
• 2012. 04. 18.교육역량강화사업 지원 대학 5년 연속 선정
• 2012. 07. 01.행정조직 운영방식 개편을 위한 팀제 도입
• 2012. 12. 26.교수학습지원센터 신설

2013년

• 2013. 04. 11.실험실습관 및 산학협력관 착공
• 2013. 07. 11.교육역량강화사업 지원 대학 6년 연속 선정
• 2013. 09. 01.행정조직 개편(실습지원본부 신설)
• 2013. 12. 05.목포해양대학교 취업률 전국1위 선정(정보공시기준)
• 2013. 12. 05.목포해양대학교 입학정원 증원 (616명 → 631명)

2014년

• 2014. 06. 02.교양과정부 내 학생상담센터 설치
• 2014. 11. 24.대학기관평가 인증 획득

2015년

• 2015. 01. 29.신축도서관 완공(지하1층 지상3층 연면적 4,800㎡)
• 2015. 03. 01.6개학부(해사대학), 4개학과(해양공과대학)로 개편
• 2015. 06. 29.해양공과대학 실험실습관 완공(지하1층 지상5층 연면적 6,834.32㎡)

2016년

• 2016. 12. 28.승선생활5호관 완공
• 2016. 04. 07.해군사관학부 설치 인가(교육부)
• 2016. 04. 22.해군사관학부 신입생 모집 대학입학전형위원회 승인(한국대학교육협의회)
• 2016. 04. 26.2017학년도 해군사관학부 신입생(30명) 모집 공고

2017년

• 2017. 03. 15.요트마리나 시설 완공
• 2017. 05. 12.인조잔디운동장 개장
• 2017. 10. 20.제7대 박성현 총장 취임

2018년

• 2018. 03. 01.교육국제화 역량인증제 인증대학 선정
• 2018. 06. 19.북항 항만시설 유보지(2필지, 160,821㎡) 대학부지 확정
• 2018. 08. 31.학생회관 신축(지상 4층, 연면적 5,373㎡)
• 2018. 09. 03.대학기본역량진단 자율개선대학 선정
• 2019. 12. 27.실습선 세계로호 인도

2019년

• 2019. 02. 01.교원양성과정 승인(2020학년도 정원 16명)
• 2019. 04. 15.필리핀 OMMEP 교류협정 체결
• 2019. 06. 26.선박수리지원센터 착공(연면적 2,913㎡)