1999년

• 1999. 03. 29. 국방부로부터 해군 학군무관후보생과정(N-ROTC)지정, 정원25명
• 1999. 04. 01. 대학부설연구소 통·폐합 (해사산업기 연구소, 해양산업연구소,
  산업기계시스템연구소, 서해해양환경연구소 등 4개를 해사산업기술 연구소 1개로)
• 1999. 04. 27. 승선생활관 5호관 신축공사 착공
  (지하1층, 지상5층, 연면적 5,126,18㎡, 공사금액 3,475백만원)
• 1999. 05. 17. 보건진료소 신설
• 1999. 05. 18. 동양조선소 부지매입 계약체결 (4필지 4,270㎡, 906,475천원)
• 1999. 06. 14. 교육목표 제정 (전인적교양인 양성, 창조적 전문인 양성, 봉사적 전문인 양성,
  성실하고 유능한 해사·해양전문인 양성)
• 1999. 06. 29. 교훈 변경
• 1999. 09. 14. 학사전신화 완료
• 1999. 10. 04. 대학 교표 및 로고 변경
• 1999. 11. 02. 대학원 박사과정 신설 승인(정원 6명)

1997년

• 1997. 03. 01. 목포해양대학교 대학원 개설

1995년

• 1995. 01. 27. 학교장의 명칭을 "학장"에서 "총장"으로 변경. (초대 오정철 총장)
• 1995. 03. 01. 해양전자공학과 및 조선해양공학과 신설, 기관 학과를 기관공학과로 변경
  학부제 도입에 따른 학과 통폐합 및 학부제 운영
  (해상운송시스템학부, 기관공학부, 해양전자·통신공학부, 해양 및 조선공학부)
  목포해양대학교 대학원 개설
  해상운송시스템학부 및 기관공학부에 해양경찰학전공 신설
  대학원 학과명칭 변경 및 추가 신설
  (통신학과를 해양전자·통신학과로 명칭 변경,
  해양 및 조선공학과 추가신설, 3개학과 → 4개학과)

1994년

• 1994. 03. 01. "목포해양대학교"로 교명 변경 (대통령제 14179호 [1994. 2. 28])

1993년

• 1993. 03. 01. 대통령령 13.859호(국립학교설치령)에 의하여
  4년제 대학(목포해양대학)으로 개편
• 1993. 12. 01. 실습선 새유달도(3,644톤) 취항

1988년

• 1988. 12. 30. 기숙사 4호관 준공 (2999,79㎡)

1987년

• 1987. 11. 09. 기숙사 3호관 준공 (2517,91㎡)

1986년

• 1986. 09. 10. 목포해양대학 우체국 개국

1985년

• 1985. 03. 01. 목포해양전문대학 항해과, 기관과 3년제로 개편
• 1985. 12. 20. 도서관 준공 (2184㎡)

1981년

• 1981. 03. 20. 실습선 유달호 명명식 (3,288,55톤)
• 1981. 03. 20. 강의실 및 교수연구실 준공 (면적 1325㎡)
• 1981. 03. 20. 구실습선 폐선 매각 (태평호 698톤)

1979년

• 1979. 02. 10. 실습선 구입(캉코트호 2,632톤)
• 1979. 03. 01. 대통령령 제9288호 국립학교설치령에 의하여 목포해양전문대학으로 개편

1978년

• 1978. 10. 31. 체육관겸 강당 준공(면적 2,703㎡)
• 1978. 12. 30. 학생회관 준공(면적762㎡)

1976년

• 1976. 06. 30. 실습선 금정산호 인수 (포항수고 34.61톤)
• 1976. 12. 20. 온금동 구교사로부터 목포시 죽교동 571번지 현교사로 이전

1973년

• 1973. 03. 17. 해군예비역 하사관 교육단 창단
• 1973. 09. 29. 대통령령 6881호 국립학교설치령 개정으로 2년제 전문학교로 개편,
  목포해양고등전문학교 폐교

1972년

• 1972. 01. 01. 전교생(1학년부터 5학년까지) 관비지급

1970년

• 1970. 03. 13. 온금동 기숙사 화재로 278,55평 소실
• 1970. 06. 08. 해기원 단기양성소 통신과 설치 인가

1968년

• 1968. 02. 05. 해기원 단기양성소 항해과, 기관과 설치 인가

1966년

• 1966. 12. 24. 목포시 온금동 6-2번지 신교사로 이전

1964년

• 1964. 03. 10. 해양기술연수원 개원
• 1964. 12. 31. 대통령령 제201호로 국립학교 설치령이 개정됨에 따라
  목포해양고등학교가 폐교되고 목포해양고등전문학교로 개편(항해, 기관, 통신) 목포해양고등학교 재학생은 졸업년도까지 종전의 규정에 의하여 존치

1962년

• 1962. 02. 17. 각령 제455호로 해양기술연수원 설치령 제정 (항해과, 기관과, 어로과)

1958년

• 1958. 01. 01. 전교생 관비지급 개시
• 1958. 11. 01. 교가 제정
• 1958. 12. 30. 실습선 해왕호(55.81톤) 구입

1956년

• 1956. 07. 14. 대통령 제116호로 문교부에 목포해양고등학교로 개칭 이관

1952년

• 1952. 04. 15. 도립 목포상선고등학교로 문교부장관 정식 인가
  (인가 학생수 항해과 50명, 어로과 50명, 계100명)

1950년

• 1950. 04. 05. 개교 및 제1차 입학식 서행(항해과 15명)
• 1950. 12. 15. 목포시 서신동 22번지로 교사를 이전