제1전공: 기관공학 전공(Department of marine engineering)
기관공학 전공은 국가 기반 핵심 해기전문인력 양성을 위한 전공이며 국내 관련법과 IMO STCW 국제협약에 적합한 교과 과정으로 운영된다. 본 전공은 동력기계장치 및 전기전자제어시스템 등이 유기적으로 결합되어 있는 마린엔진시스템을 종합적이고 효율적으로 운용할 수 있는 멀티 시스템 엔지니어의 양성을 교육 목표로 하고 있다.
심화전공 : 기계융합 전공(Department of mechanical application)
선박용 기계장치는 디젤엔진, 가스·스팀 터빈, 추진시스템, 발전기와 이를 구동할 수 있는 각종 보조기계장치로 구성되는 종합적인 플랜트로 선박의 안전한 운항을 위하여 고도의 정밀성과 신뢰성이 필수 요소이다. 따라서 본 전공에서는 일반기계공학의 전반적인 기본 지식과 응용 기술을 통해서 선박용 디젤엔진, 동력전달장치 및 관련된 각종 기계장치의 운전, 설계, 제작, 시험 연구개발 및 A/S분야에 종사할 수 있는 고급 전문가 양성을 교육 목표로 하고 있다.
심화전공 : 전기제어 전공(Department of electrical & control engineering)
선박용 기관시스템의 첨단화 및 자동화가 빠르게 진행되고 있으며 주기관 또한 전자엔진이 보편화되고 있어 전기·전자·자동화 시스템에 대한 수요는 지속적으로 증가하고 있다. 전기제어 전공에서는 선박의 운항과 유지 보수에 필요한 기계관련 지식과 더불어 전기·전자·제어공학 지식을 습득할 수 있도록 한다. 이를 통해 고급해기사, 전자 기관사, 선박전기전자 및 자동화 관련 분야 메카트로닉스 엔지니어로서 다양한 산업 분야에 진출할 수 있는 전문 인력 양성을 교육 목표로 하고 있다.
심화전공: 해양에너지·해양플랜트 전공(Department of ocean energy & offshore plant)
전 세계적인 해양에너지 자원개발에 이용되는 해양플랜트는 대부분 국내에서 건조되고 있어 해양플랜트 운영 및 관리 분야의 전문가 양성은 미래의 새로운 인력수요를 선도할 것으로 기대된다. 따라서 해양에너지·해양플랜트전공에서는 기관사가 갖추어야 할 해기지식과 함께 해양에너지·해양플랜트 운영에 관한 전문 지식을 강의하여 고급해기사, 해양에너지 및 해양플랜트의 전문 운용 및 관리 분야의 인력 양성을 교육 목표로 하고 있다.
융합트랙: LNG트랙
기관시스템공학부는 국립목포해양대학교 LINC+ 사업단 LNG트랙 주관 학부로서 국제해사기구 IMO의 대기환경규제에 따른 해운산업체의 수요를 반영하여 기존 교육과정과 차별화된 독자적인 LNG추진선 교육과정을 편성 및 운영하고 있다. 또한, 취업 약정기업이 소유한 선박에서의 현장실습을 통해 해양 전략산업 GLOCAL 융·복합 창의적 전문 인재 양성을 비전으로 환경 친화적 LNG 액화가스추진선박 전문 인력 양성을 목표로 하고 있다.
융합트랙: MICT트랙
기관시스템공학부는 국립목포해양대학교 LINC+ 사업단 MICT트랙 참여 학부로서 4차산업 혁명의 대두와 더불어 선박 분야에서도 ICT융합 기술을 접복한 다양한 첨단 장비가 탑재되어 있다. 첨단선박기술의 변화 양상에 부합하며, 통합적인 시각에서 ICT융합장비 운용 및 융합적 사고를 겸비한 고급해기사 양성을 목표로 취업약적 기업과 함께 PBL기반 실습교과 및 산업체 주도 취업연계 교육과정을 운영하고 있다.